5．羽田秀吉：猜测，可能性大。真纯的二哥，十年前在海滩见过新一。
6．毛利小五郎：猜测，但具有较大争议。
7．伊东末彦：存在争议。M10《侦探们的镇魂歌》中人物。虽然利用椅子上的仪器测出了柯南的指纹，但是他也只是知道工藤新一来了，就算后面听出声音稚嫩，也还称其为工藤，即没有发现柯南与工藤新一之间的关联。严格来说并不能作“身份知情者”，故算作“争议人物”。
注：1.黑衣组织为何至今未察觉柯南的身份：主要是因为TV129中灰原告知她已经把黑衣组织档案上工藤新一的资料从“不明”改为“死亡”，琴酒等组织主要负责人并未对新一之死产生疑惑（见TV345中“我从不去记死人的名字”）。并且这也是作品连载的需要。
2.小兰虽多次怀疑柯南身份，但都被掩饰过去，她还不知道柯南就是新一。小兰首次怀疑柯南身份是在漫画Vol.3File.8《身份受怀疑》、TV7《每月一份礼物威胁事件》，此外还有M3（非常危险，连柯南都以为瞒不过去了）、TV96、TV188~193、TV400、TV902。
其他说明
柯南作为小学生，却有着清晰的头脑和很强的行动力。这引发了小兰的怀疑，好在柯南借助阿笠博士的帮助瞒过了自己的真实身份（TV7）。此后柯南也曾多次被小兰怀疑身份（TV96、TV188~193、TV400），但在阿笠博士、灰原哀、怪盗基德（仅剧场版中）、服部平次、工藤有希子等得知自己身份的人的帮助下，都成功掩饰过去。
即使是不知道柯南真实身份的人也对他信任有加，如茱蒂·斯泰琳、高木涉、佐藤美和子等（其中部分人已经开始怀疑柯南身份）。
参考资料[40]
角色经历
接触组织
工藤新一因为目击黑衣组织的交易被发现而遭毒手，被灌下APTX4869（组织研发的药物）后导致身体缩小至7岁左右。新一担心自己的事会危及周围人的安全，而在阿笠博士的帮助下隐藏真实身份，化名江户川柯南，寄住在与自己青梅竹马的女友毛利兰家中，转学至帝丹小学一年B班，与吉田步美、圆谷光彦、小岛元太成为朋友，四人组成了少年侦探团。[6]
工藤新一身体变小
柯南住在小兰家中，希望借助小兰的父亲毛利小五郎侦探的身份追查组织，可是小五郎却是个迷糊侦探。柯南只得借助自己没有减退的推理天份帮助小五郎破案，但因为身体变小导致办案时不便，危险性也增加，因此阿笠博士为他发明了手表型麻醉枪和领结型变声器等道具。柯南利用这些道具“代替”小五郎（或铃木园子）进行推理，破解疑案，使得原本默默无闻的小五郎声名大噪，得到了“沉睡的小五郎”称号。与此同时，柯南也一直急切地追查组织。
宫野明美化名广田雅美，到毛利侦探事务所委托寻人，后被琴酒灭口。柯南在明美临死前赶到，明美透露她属于黑衣组织（对应动画改编为与组织无关，后来才以原创形式补上该段剧情）。[41]
在新干线火车上，他遇到了将其灌药变小的两名组织成员，通过窃听获知他们的代号是“琴酒”和“伏特加”（但在对应动画中却被改为与组织无关，柯南得知二人代号的方式不明）。[42]
因为小五郎参与满天堂公司的产品发布会，柯南偶遇组织成员龙舌兰。但龙舌兰旋即被误炸而死，组织的痕迹也被湮灭。[43]
之后，柯南结识了关西的高中生侦探服部平次，并且变小的事情被平次发现。二人随后成为挚友，柯南在追查组织时经常找平次合作。[44]
追查贝尔摩得
APTX4869的研发者宫野志保（代号“雪莉”）服药变小并逃离组织，寄住在阿笠博士家，化名灰原哀，和柯南一样隐藏身份转至帝丹小学一年B班，加入少年侦探团。柯南起初对灰原充满警惕，后在得知灰原为宫野明美的妹妹后开始相互信任。[45]
一日，柯南和灰原偶然发现了琴酒的保时捷，意欲跟踪时被琴酒发现了跟踪器。但柯南依然得知组织成员皮斯克将在杯户饭店进行暗杀行动。柯南和灰原赶到，琴酒却已将发现雪莉会到杯户城市酒店一事告知了皮斯克。皮斯克暗杀吞口重彦成功后发现并认出灰原，将她迷昏并藏在饭店酒窖里。柯南与灰原取得联系后让她喝下白干。灰原恢复身体，从烟囱逃至饭店顶楼，遇到埋伏的琴酒和伏特加，身中数枪。柯南赶到后用麻醉枪击中琴酒，同时灰原由烟囱逃回酒窖。此时白干效力已过，灰原身体变回。皮斯克在准备处决灰原时，柯南再次赶到解救了灰原，而皮斯克则因被媒体拍到照片被boss下令由琴酒灭口。灰原感觉当时还有其他组织成员在场，柯南也通过手帕颜色推理出当时在场的美国女星克丽丝·温亚德也是组织一员。[46]
由于在侦探队洞窟探险事件中身中枪伤，手术后抵抗力变得比较差一些，很容易引发上呼吸道感染（感冒）。
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