结果，恰逢当时朝廷各地灾祸连连，国库挤不出银子了！户部、工部一起强硬拒绝了孙承宗的请求。
后来魏忠贤在朝中掀大狱，一锅端了东林党！对此孙承宗是很不满的，当时他还想借着给朱由校祝寿的由头，进京弹劾魏忠贤。
结果被朱由校四两拨千斤的挡了回去！
后来，魏忠贤手下的崔呈秀等也在他的授意下，弹劾过孙承宗。当时这位孙大人便当即上书请辞！
不过，眼下朱由校还是不愿意动这位帝师的。于是那一场弹劾便也只能不了了之！
到了今年，建酋嚣张的改沈阳为盛京。公然挑衅大明的京师北京！
孙承宗对此却无动于衷。因为他猜测，建酋如今已做好了万全准备，只等着大举进攻了。所以此刻反攻不是好时机！相反，此时此刻最应该做的是加强防御。
对此，朝中对辽东的不满到达了顶点。不少人都弹劾孙承宗说他冒领军饷，畏战不前！
朱由校对此的决定则是，既没有听群臣的罢免孙承宗；也没有支持孙承宗的判断。
而是下诏，让孙承宗继续督师辽东。可却让孙承宗精兵简将，减少军饷。
于是，孙承宗只好裁剪军队一万七千人，节省开支六十八万。
到了同年九月。由于马世龙误信降人降将刘伯漒，派鲁之甲、李承先袭取耀州，中计身死，损失四百余人。
于是魏忠贤党羽趁机弹劾马世龙和孙承宗。
这下子，孙承宗又一次请求辞官，态度很坚决！
于是乎，朱由校只得同意孙承宗辞官，并给孙承宗加特进光禄大夫，儿子世袭中书舍人，又赏赐蟒服、银币等，并派人保护孙承宗回家。
同时，任命兵部尚书高第为辽东经略。接替孙承宗在辽东的一切军务！
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