家道中落，崇绮可以说备尝“身居闹市无人理”的世态炎凉。他索性闭门读书，研习书法，练成一笔好字，他还擅长丹青，尤喜画雁，以寄寓其“沧州旧隐无人识，正似寒芦落雁边”的感愤。
1853年，太平天国北伐军逼近天津，威胁京师。咸丰皇帝下令设巡防所，宣布戒严。巡防王大臣调崇绮充任督练旗兵处文案。次年，孤军北上的太平军弹尽粮绝，为清军所败，崇绮因抵御太平军北进有功被授予兵部七品笔帖式，并开复举人。1860年第二次鸦片战争爆发，英法联军攻入北京，咸丰皇帝仓皇逃奔热河。崇绮以随办巡防名义守卫内皇城，并协理内城团防昼夜巡行，以备不测。英法联军退去后，因守城有功，崇绮被提升为主事，后迁员外郎。1864年（同治三年），宁夏将军都兴阿奏请让谙熟军事的崇绮随他去西北参与军务，兵部上疏坚请留崇绮在部获准，崇绮遂调充步军统领衙门兼办司员。
这一年，正逢三年一次的礼部会试，崇绮顺利地取得了贡士资格，农历四月二十一日既入保和殿参加殿试。殿试这一天，崇绮沉着镇定，文思格外敏捷，下笔有如行云流水，不多时，便洋洋洒洒地写完了上千余字的经史时务策文。次日，8位阅卷大臣在所有密封试卷中圈出前10名，送呈皇帝亲览。可当时同治皇帝还是个10岁的孩子，此事便由两宫皇太后代行。慈禧太后见一本卷子文辞写得不错，字也挺有功夫，就主张点这本为状元，慈安太后说不出什么意见，就由着慈禧太后做主，把10本卷子的名状安排停当，并用御笔点了。密封试卷拆开，才发现排在一甲一名进士的竟然是蒙古正蓝旗人崇绮，这可是清代开国以来从未有过的先例。原来，清初为了笼络汉族知识分子，在科举取士上采用“旗不点元”的策略，即一甲前三名——状元、榜眼、探花，不取旗人。虽然没有明文规定，但这是从顺治帝开始历朝因循的惯例，怎能破例呢？可是，慈禧太后御笔点中的状元，又不好改换。养心殿上，两宫太后和阅卷大臣们皆颇费周章，慈禧太后斟酌再三，犹豫不决，遂决定交给军机大臣和阅卷大臣商议。众大臣经过反复争论，得出“但凭文字，何论满汉”的结论，奏复两宫。
崇绮作为一名旗人，破天荒地当了科举考试的状元，引起了满朝的议论和称羡，成为当时轰动朝野的重大新闻。祟绮也因此有了“小金榜状元”的美称。而整个清代，满、蒙人参加汉文考试最终能夺魁的也只有祟绮一人。
崇绮金榜题名后，照例入翰林院为修撰。1870年，崇绮升为侍讲，是年秋，又任河南乡试主考官，后来又充当日讲起居注官，侍奉于皇帝左右。
1872年，同治皇帝已届成婚之年，需从高级官员的女儿中选一皇后。崇绮之女阿鲁特氏因相貌端庄美丽，性格文静娴淑，被东宫慈安太后相中，最终获得同治皇帝首肯，被册封为正宫皇后。作为皇后之父的崇绮，受封为三等承恩公，崇绮的夫人瓜尔佳氏为一品夫人，他的直系亲属也从蒙古正蓝旗升隶满洲镶黄旗。
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