崇祯四顾无人，向他吐露了内心的思虑：“朕有志于此已经很久了，没有人相帮，故而拖延至今。我同意你的意见，但外边大臣不服从，无可奈何。此事重大，请你保密，千万不可泄漏。”
崇祯向他细致地询问了“南迁”的具体事宜。
李明睿胸有成竹地说道：“朝廷在军队护送下，可以通过陆路、海路、运河南下。皇上须从小路轻车南行，二十天就可以抵达淮河。”
崇祯表示赞许，再次叮嘱此事不可泄漏。
李明睿见皇帝似乎有所考虑，请求皇上当机立断，离开北京，龙腾虎跃；困守危城，毫无益处。
午饭后，崇祯与李明睿的对话继续进行。晚饭以后，崇祯感到“南迁”还有不少问题要研究，再次破例，召见李明睿，两人促膝而谈，讨论“南迁”途中的粮饷接济、军队驻扎、动用内帑等具体事项。
谈话结束，李明睿出宫时，已是深夜二更时分了。
这是一次非同寻常的会谈，时间是大年初三，人们还在忙于过年，崇祯却在考虑自己的退路——“南迁”。
平心而论在当时的情况下，“南迁”似乎是摆脱困境唯一可供选择的方案。长江中游有左良玉十万大军，下游又有江北四镇的军队扼守长江天堑，南京比北京要安全得多，即使北方陷落，偏安于江南，还是有可能的。
问题在于“南迁”意味着放弃宗庙陵寝，难以启口，必须有内阁、六部的重臣出来力排众议，形成朝廷一致的共识。
遗憾的是那些大臣都怕承担骂名，不敢提倡“南迁”。正月初九，他向内阁六部大臣提出“朕愿督师”时，大臣们争先恐后表示愿意“代帝出征”，没有一个人提到“南迁”。
然而形势越来越紧急。李自成进军山西后，发布声讨明朝的檄文，其中的警句——“君非甚黯，孤立而炀蔽恒多；臣尽行私，比党而公忠绝少”，引起了极大的震动。尽管李自成说“君非甚黯”——皇帝并不坏，崇祯还是颁布了一道“罪己诏”，深刻地为国家危亡而检讨，一再声称都是朕的过错。他的本意是想凝聚日趋涣散的民心，挽狂澜于既倒。可惜的是，事已至此，空话已经于事无补了。
崇祯再次想到了“南迁”，单独召见驸马都尉巩永固，向这位皇亲国戚征询救急对策。巩永固极力鼓动皇帝“南迁”，如果困守京师，是坐以待毙。
不久，李明睿公开上疏，建议“南迁”。他说：如果皇帝“南迁”，京营兵可以护驾，沿途还可以招募数十万士兵。山东的一些王府可以驻跸，凤阳的中都建筑也可以驻跸，南京有史可法、刘孔昭可以寄托大事，建立中兴大业。北京可以委托给魏藻德、方岳贡等内阁辅臣，辅导太子，料理善后事宜。
崇祯把他的奏疏交给内阁议论。内阁首辅陈演反对“南迁”，示意兵科给事中光时亨，严厉谴责李明睿的“邪说”，声色俱厉地扬言：不杀李明睿，不足以安定民心。
李明睿不服，极力为“南迁”声辩，援引宋室“南迁”后，国祚延续一百五十年的先例，反复论证，只有“南迁”才可以有中兴的希望。
崇祯对光时亨的意见很是反感，当面训斥他是出于“朋党”的意气用事，下达圣旨：“光时亨阻朕南迁，本应处斩，姑饶这遭。”态度虽然十分坚决，但是大臣们都缄口不言。
都察院左都御史李邦华是支持李明睿的，他写给皇帝的秘密奏疏，提出折中方案，派遣太子“南迁”，把南京作为陪都，留下一条退路，维系民众的希望。崇祯看了他的奏疏，赞叹不已，兴奋得绕着宫殿踱步，把奏折揉烂了还不放手。立即召见内阁首辅陈演，对他说：李邦华说得对！陈演是坚决反对“南迁”的，故意向外透露了这个消息，并且鼓动言官猛烈抨击“南迁”的主张。
崇祯感受到“南迁”的压力，立场发生微妙的变化，他再次召见内阁辅臣时，作出了和他的本意大相径庭的决定：死守北京。他的理由是：如果朕一人单独而去，宗庙社稷怎么办？陵寝怎么办？京师百万生灵怎么办？国君与社稷同生死，是道义的正统。
阁臣们建议，让太子“南迁”，延续国祚。
崇祯反驳道：朕经营天下十几年，尚且无济于事，太子这样的哥儿孩子家，做得了什么事？先生们乘早研究战守的对策，其他的话不必再讲了。
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